sind zahlreich, fast jede Szene hat eine Referenz. Einige davon sind:

• Die Aussage von Agent Smith „Menschen sind ein Virus“ – aus dem Film Virus
• Der Kuss von Trinity, der die Welt rettet – aus The Fifth Element
• Die Kraken, die das Schiff angreifen – aus Sphere, 20.000 Meilen unter dem Meer
• Die Maschinen, die die Welt erobern – aus Terminator
• Der Computer, der das menschliche Leben ignoriert und die Kontrolle übernimmt – aus 2001: Odyssee im Weltraum, Alien
• Virtuelle Realität – aus Total Recall, Strange Days, The Gardener
• Neos Zimmernummer 101 – die Nummer des Folterraums im Film 1984
• Das Wesen, das aus dem Bauch herauskommt – aus Alien
• Agenten, die in den Körper der gewünschten Person eindringen – aus Terminator 2
• Der Kampf zwischen Agent Smith und Neo in der verlassenen U-Bahn – wie in der Duellszene auf dem Marktplatz in vielen Western-Filmen
• Neos zwei verschiedene Identitäten, Telefonzellen, Neo, der am Ende des Films fliegt – aus Superman
• Neos Aufprall auf den weichen Boden am Ende des Sprung-Programms – wie in Tom und Jerry
• Der schwarze Mann, der seine Ketten sprengt und in die Freiheit läuft – aus Amistad
• „Sieh dir das weiße Kaninchen an“ – aus Alice im Wunderland

Diese Referenzen sollten jedoch nicht als bloße Kopien verstanden werden. Jede einzelne hat eine Bedeutung, eine Wichtigkeit und einen Wert.